Главная страница MolBiol.ru > Расчёты Rambler's Top100  English version  Deutsche Version  Український варіант
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Расчёты и преобразования


Нуклеотидные последовательности (НП)     >>>          
Операции с НП     >>>     
Чтение вслух НП     >>>     
Трансляция НП     >>>     
Предсказание НП по аминокислотной     >>>     
Поиск редких кодонов в кодирующей НП     >>>     
Случайная последовательность, мутагенез, перестановки НП     >>>     
Трёхбуквенный-однобуквенный код     >>>     
Анализ последовательности белка     >>>     

Вычисления     >>>          
Расчёт параметров PCR     >>>     
Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот     >>>     
Пересчёт скорости вращения в ускорение     >>>     
Вычисление времени роста бактерий     >>>     
Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью     >>>     

Конверсия     >>>          
Конверсия: масса - моли (для белков)     >>>     
Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот)     >>>     
Конверсия ДНК/белок     >>>     
Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию     >>>     
Конверсия единиц измерения     >>>     

Прописи растворов     >>>     
 

    Программы были подготовлены специально для "Практической молекулярной биологиии". Были автоматизированы те расчёты, которые реально полезны в лабораторной практике. Все программы написаны на JavaScript, для пользователей это означает, что если сохранить страницу на собственном компьютере, то программой можно будет пользоваться не выходя в интернет.

    Нуклеотидные последовательности

    Операции с нуклеотидной последовательностью

    Форма проводит простые манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную). Она понимает стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов. Можно проводить как одиночное преобразование, так и несколько преобразований одновременно.


    Чтение вслух нуклеотидной последовательности

    Форма читает вслух последовательность. Можно произвольно задать скорость чтения, выбрать русского или английского диктора. Есть команды "пауза" и "начать сначала". Понимаются стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов.


    Предсказание нуклеотидной последовательности по аминокислотной

    Предсказание нуклеотидной последовательности по белковой. Учитывается частота встречаемости кодонов в лабораторных организмах: Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, Escherichia coli.


    Трансляция нуклеотидной последовательности

    Форма проводит трансляцию нуклеотидной последовательности в выбранных рамках считывания, при этом правильно воспринимает полиморфные нуклеотиды. Можно выбирать несколько рамок одновременно. Можно переключаться между трёхбуквенным и однобуквенным кодом.


    Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности

    Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. Кроме интерактивной формы, позволяющей проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, на сайте имеется таблица частоты встречаемости кодонов в распространённых лабораторных организмах.


    Случайная последовательность, мутагенез, перестановки НП

    Для моделирования или оценки работы компьютерных программ анализа удобно использовать случайные нуклеотидные последовательности. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/. Кроме того, можно устроить перестановку определенной последовательности или её мутагенез.


    Трёхбуквенные-однобуквенные аминокислотные последовательности

    Облегчает жизнь, когда требуется перевести однобуквенную аминокислотную последовательность в трёхбуквенную (например, когда код толком не помнишь), или наоборот - переписать трёхбуквенную (например, для ввода в компьютер). Однобуквенная запись по желанию - прописными или строчными буквами. Заодно программа считает молекулярный вес белка. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/.


    Анализ последовательности белка

    Программа рассчитывает брутто-формулу (с учетом естественного содержания изотопов), процентный состав, изоэлектрическую точку, заряд при заданном pH и молекулярный вес белков (авторы: Клименков Виталий, Широкая Александра, Авдей Алексей; http://vitalonic.narod.ru/biochem/index.html).


    Вычисления.

    Расчёт параметров PCR

    Программа помогает оценить сбалансированность PCR реакции (по нуклеотидам и праймерам) и необходимое число циклов. Рассчитывается общее количество и концентрация полученного продукта. Оценивается, с какого цикла амплификация перестаёт быть экспоненциальной. Программа сама выбирает наиболее удобные единицы измерения для представления результатов ("µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl"). Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает.


    Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот

    Расчёт концентрации нуклеиновых кислот по оптической плотности (ДНК, РНК, олигонуклеотиды). Можно обсчитывать как одиночные измерения, так и серии измерений. Результат выводится для концентрации образца в исходной пробирке (так как учитывается разведение). Кроме того, программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной: "µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl". Можно выбрать единицу измерения самому, программа пересчитает. Имеется help.


    Пересчёт скорости вращения в ускорение

    Пересчёт скорости вращения [rpm] центрифуги в ускорение [kg] и обратно. Для расчёта надо измерить (или посмотреть в описании центрифуги) радиус ротора.


    Вычисление времени роста бактерий

    "Прогнозирование" роста бактерий. Это важно при приготовлении химически компетентных и электрокомпетентных клеток, экспрессии белков. Программу можно использовать и для других организмов на логарифмической стадии роста. Кроме того, оценивается точность прогноза. Имеется help.


    Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью

    Пересчёт активности меченных дидезоксинуклеотидов в массу и молярное количество. Это бывает полезно при оценке того, сколько матрицы следует брать для меченья ДНК или РНК.


    Конверсия

    Конверсия: масса - моли (для белков).

    Пересчёт для белка с известным молекулярным весом массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.


    Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот)

    Пересчёт для нукл. кислот (ДНК, РНК, олигонуклеотид) массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.


    Конверсия ДНК/белок

    Простенькая оценка, какого размера требуется ген для синтеза белка данного молекулярного веса и наоборот, какого размера получится белок для ORF данного размера.


    Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию

    Пересчёт молярного количества [mol] в молярную концентрацию [M]. Нужно задать объём раствора и всё. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.


    Конверсия единиц измерения

    Пересчёт единиц измерения. Например: сколько миллиметров в дюйме. Пересчёты для длины; площади; объёма; угла; времени; скорости; ускорения; силы; давления; энергии; мощности; массы; температуры и радиоактивности. Кратные и дольные приставки. Практически все физические величины. Если чего то не хватает, пишите, добавим. Имеется help.


    Прописи растворов

    Таблицы с прописями приготовления растворов позволяют рассчитывать количество реактивов для произвольных объёмов. Таблицы работают следующим образом: в крайнюю правую верхнюю позицию таблицы нужно ввести финальный объем раствора в. После нажатия на кнопку "Расчёт" (или клика вне этогй позиции) будут вычисленны веса/объёмы всех компонентов раствора для указанного объёма.

    Прописи для обычно используемых растворов можно найти в главе "Приготовление растворов". Кроме того, в протоколах имеются собственные списки реактивов. Они тоже обеспечивают пересчёт (например, пропись для приготовления белкового геля).

    Инструкция по работе с прописями растворов откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:   



MolBiol.ru: http://molbiol.ru
e-mail: redactor@molbiol.ru
просмотров: 1


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/
IPB WARNING [2] mysql_connect() [function.mysql-connect]: User molbiol_forum already has more than 'max_user_connections' active connections (Line: 115 of /ips_kernel/class_db_mysql.php)
Invision Power Board Database Error  

There appears to be an error with the database.
You can try to refresh the page by clicking here.

Error Returned

We apologise for any inconvenience


    Дополнения, комментарии, вопросы

    IPB WARNING [2] mysql_connect() [function.mysql-connect]: User molbiol_forum already has more than 'max_user_connections' active connections (Line: 115 of /ips_kernel/class_db_mysql.php)
    Invision Power Board Database Error  

    There appears to be an error with the database.
    You can try to refresh the page by clicking here.

    Error Returned

    We apologise for any inconvenience




       
Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler