MolBiol.ru > Методы > Олигонуклеотиды > PAAG электрофорез | |
|
ГЛАВНАЯ ·
ПРОЕКТ ·
СПРАВОЧНИК ·
МЕТОДЫ ·
РАСТВОРЫ ·
РАСЧЁТЫ ·
ЛИТЕРАТУРА ·
ЗАДАЧИ ·
ФИРМЫ ·
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
|
Форез олигонуклеотидов
Количество олигонуклеотидов на дорожку менее 25 => 20%
Ammonium persulfate 10% (хранить при 4oС несколько недель). (хранить на NT несколько месяцев). Формамид с одним или несколькими красителями (бромфеноловый синий, ксиленцианол, Orange G) в концентрации 0.01-0.05% (по вкусу). Обычно коммерческий формамид имеет вполне приемлимое качество, но если он желтый, то лучше деионизовать ("Сложные" буфера.). Конечная концентрация формамида при нанесении может быть от ~50 до ~100%. |
Смотри также: /ссылки на сетевые ресурсы/
|
п.3. п.6. п. 7. п.8. п. 9. п.12. п.13. Бромфеноловый синий и ксиленцианол - (стоковые растворы 1% в H2O; рабочая концентрация в 1х буфере ~0.01-0.05%) позволяют иметь представление о том, где в геле находятся олигонуклеотиды определенной длины. Но они могут создавать проблемы при наблюдении олигонуклеотидов.
п. 17.
Дополнения, комментарии, вопросы Гость /16.06.2005 12:39/
Прошу написать знающих людей, как можно разогнать на электрофорезе изоформы цитохрома Р 450 (2% агароза, горизонтальный электрофорез). Mac-1 /17.06.2005 22:12/
(Гость @ 16.06.2005 05:39) Прошу написать знающих людей, как можно разогнать на электрофорезе изоформы цитохрома Р 450 (2% агароза, горизонтальный электрофорез). Попробуйте ИЭФ - изоэлектрофокусирование в амфолитах (фармалитах, если их еще выпускают). Я когда-то видел фотографию разделения изоформ цитохрома именно таким способом. К тому же, если не ошибаюсь, эти изоформы входили даже в кит маркеров для ИЭФ. _Danil_ /11.01.2006 21:25/
При проведение количественного фореза (т.е. такого после которого вы будете вырезать кусок геля с нужным вам производным олигонуклеотида) НЕ следуйте дополнению от Маши (нагревание геля ускоряет полимеризацию)! Нагревание геля в процессе полимеризации чаще всего его (процесс) безусловно ускоряет но может привести к тому что гель получится корявый Oligolamer /10.04.2006 14:52/
Автору (Администрации): почему бы не развести форез на качественный и количественный (главы в одной теме?), чтоб не было путаницы и "ляпов" из-за применения одного для кардинально другого? Guest /10.04.2006 15:33/
Потому что надо всегда всё делать как следовает, и не делить форезы на "допустимо корявые" и "картиночные". guest: Oligolamer /11.04.2006 16:59/
2Guest Не понял Вашего (логики) ответа. Redactor /11.04.2006 17:03/
(Oligolamer @ 10.04.2006 13:52) Автору (Администрации): почему бы не развести форез на качественный и количественный (главы в одной теме?), чтоб не было путаницы и "ляпов" из-за применения одного для кардинально другого? Я сам просто не смогу разделить на две методики. У меня опыта не хватает нормально описать отличия одного от другого. Oligolamer /13.04.2006 13:06/
Хорошо, может методики разводить и не надо (а просто я - ...lamer ). Но если можно (кто-нибудь добрый), объясните/уточните такие позиции в методике: * Подготовка форезного аппарата (кстати, "если после номера пункта стоит точка - то предложение пункта пишется с заглавной буквы) ...3. Если хочется, чтобы гель легко снимался со стекол — силиконизировать. У нас в лаборатории говорят, что силиконизирование даёт обратный эффект - гель лучше прилипает. З.Ы. При этом в комментариях для п.3. идёт ссылка на: п.3. Силиконизирование - см. "Сиквенс" Где bind-silane очень летучее вещество и даже небольшого его количества достаточно, чтобы приклеить гель к стеклу * Количество олигонуклеотидов на дорожку нижний предел (с красочками) - явно рассчитан на качественное определение... верхний предел (без красок) - для кол-венного определения Только что значит - разрешение ещё приемлемое? Если больше - то,что будет - дорожки "перекрываются" или олиги не "бегут"? * Выбор % геля 7. на 12х8х0.07см3 гель требуется ~7ml (лучше приготовить 10ml). Что за величины?! Выше же было "если брать ~10µg на 10х0.5 mm2 ячейку", т.е. толщина 0,5 мм; а тут вдруг 0,07 см какие-то (откуда ещё 0.2 мм "нарисовались")? * расплавленную 2% агарозу (в ТВЕ 1x) налить ... КАКУЮ АГАРОЗУ?! - ведь в ПААГе олиги гоняют?! Или эта статья выложена на всеобщее обозрение чтобы задурить головы возможным конкурентам?! - ну, нельзя же так, право слово Тот Самый /13.04.2006 16:55/
Слыш, ты эта... субординацию соблюдаи. Раз ламер, значит выводы не делай, особенно про задурить голову. Тебе не надо. Силан для силиконизирования двух сортов бывает: связывающий и отталкивающий. Ну и т.д. и т.п. A Chemist /14.04.2006 09:37/
Силан для силиконизирования двух сортов бывает: связывающий и отталкивающий. Это не совсем точное утверждение. Есть еще как минимум один сорт, третий (не брак). Re /14.04.2006 11:44/
(Oligolamer @ 13.04.2006 11:06) Хорошо, может методики разводить и не надо (а просто я - ...lamer ). Но если можно (кто-нибудь добрый), объясните/уточните такие позиции в методике: У нас в лаборатории говорят, что силиконизирование даёт обратный эффект - гель лучше прилипает. КАКУЮ АГАРОЗУ?! - ведь в ПААГе олиги гоняют?! Или эта статья выложена на всеобщее обозрение чтобы задурить головы возможным конкурентам?! - ну, нельзя же так, право слово Спокойно. дружище, спокойно... Стекла мойте, силиконизировать "repel" - силаном вряд ли понадобится. Агарозу, если посмотрите на картинку, используют как пробку, чтобы акриламид до полимеризации не вытекал. Если толщина геля не как для сиквенса, он может вытекать даже при заливке в горизонтальном положении. тут уж кто резиночку прокладывает, кто агарозную пробку делает, кто спейсеры смазывает, - словом, лучше самодельную методику перенимать из рук в руки, или фирменную - по инструкции к прибору. Oligolamer /19.04.2006 16:22/
...и не видел я "инструкции к прибору" Это как - прибор для олигофореза? - звучит забавно (: К сожалению, хотелось бы чтоб эта онлайновая методика была концептуальна. А то пока что выгдляит так, как будто натянули материалу из разных методичек... Guest /10.05.2007 06:39/
помогите пожалуйста. по методике на сайте, олиги можно увидеть по теням на бумаге или хроматографической пластинке. Не знаю что я делаю не так, но никаких теней не видно. Источник УФ - обычный трансиллюминатор. watchesonline89 /21.12.2022 08:50/
|
ГЛАВНАЯ ·
ПРОЕКТ ·
СПРАВОЧНИК ·
МЕТОДЫ ·
РАСТВОРЫ ·
РАСЧЁТЫ ·
ЛИТЕРАТУРА ·
ЗАДАЧИ ·
ФИРМЫ ·
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
|