В последнее время появились некоторые программы, использующие технологию XML (Extensible Markup Language) и ориентированные на специалистов, работающих в области молекулярной биологии и генетики. Visual Cloning 2000 компании Redasoft Corporation - это первый инструмент, о котором хотелось бы рассказать.

Обзор возможностей программного продукта Visual Cloning 2000 подготовлен по материалам, опубликованным на сайте Redasoft Corporation (http://www.redasoft.com). Фактически все описанные возможности (за исключением заказа праймеров) проверены на практике.

Исключительная графика

Visual Cloning 2000 позволяет достаточно просто создавать и в значительной степени модифицировать геномные карты, обеспечивая при этом графические возможности, недоступные для других подобных программах.

Расширенные возможности редактирования

Только Visual Cloning позволяет создавать и манипулировать одновременно несколькими картами на одной странице. Можно совмещать кольцевые и линейные карты, с нуклеотидными последовательностями или без. Visual Cloning реализует принцип WYSIWYG (What You See Is What You Get), и, таким образом, можно работать с изображением в том виде, в котором оно может быть выведено на печать. Геномные карты можно легко масштабировать.

Если необходимо создать карту, которая должна быть полной копией существующей, нет нужды начинать с ввода необработанной последовательности, достаточно воспользоваться операцией copy&paste (копирования и вставки), а затем выполнить необходимые манипуляции.

Автоматическое построение и модификация изображениий

Visual Cloning минимизирует работу, необходимую для построения карт профессионального качества. Программа автоматически позиционирует регионы, маркеры и метки так, чтобы они не перекрывались и не наезжали друг на друга. Это делается без потери возможности последующей модификации карты.

Можно изменить практически все, начиная от размера карты, до направления регионов, их толщины и цвета. Как для кольцевой карты, так и для линейной можно свободно перетаскивать регионы.

Когда размер кольцевой карты увеличивается, метки перемещаются, компенсируя изменение размера изображения и не нужно тратить время на их репозиционирование.

Множественное выделение

Режим множественного выделения, реализованный в Visual Cloning 2000, позволяет одновременно позиционировать и изменять параметры сразу нескольких объектов. Объекты могут выделяться последовательно или при перемещении специальной рамки. Можно очень точно выравнивать объекты или равномерно размещать в горизонтальном или вертикальном направлении.

Редактирование по месту

Можно редактировать текст меток и маркеров прямо по месту их размещения. Это позволяет экономить драгоценное время, не обращаясь к специализированному меню.

Панель стилевого оформления

Только Visual Cloning оснащен панелью стилевого оформления, которая обеспечивает настройку фонтов, размеров, стилей и цветовой гаммы простым кликом мыши. Можно даже изменить цвет сразу нескольких выделенных объектов.

Простота публикации

Visual Cloning обеспечивает простоту экспорта карт в другие программы. Можно копировать карты в clipboard и помещать их в другие программы в векторном формате (Enhanced Metafile), при этом качество изображения ограничивается только разрешением экрана или принтера. Формат Enhanced Metafile хорошо работает в таких программах как Microsoft Word или Microsoft PowerPoint.

Есть возможность вклеивать или сохранять карты в формате BMP, который может быть загружен, например, в Adobe Photoshop. Если необходимо опубликовать карту на Web, BMP легко конвертируется в gif или jpg файлы.

Когда необходима хорошая графика, Visual Cloning – это наилучший вариант из доступного программного обеспечения.

Исчерпывающая web-интеграция

В Visual Cloning интегрирован Web-браузер, который можно использовать для подключения к внешним базам данных, подобным NCBI.

Импорт последовательностей из Web

Visual Cloning позволяет создавать карты из любых последовательностей, находящихся в публичном доступе. Если удалось найти соответствующую последовательность в on-line базе данных, ее можно легко превратить в полностью откомментированную и маркированную карту нажатием клавиши "Import".

ResearchNet

Есть возможность использовать встроенный браузер для подключения к порталу ResearchNet компании Redasoft. Портал обеспечивает доступ к таким on-line инструментам, как Cloning Vector Search Engine, ExPASy proteomics, база данных по протоколам экспериментов "DoubleTwist".

Заказ ферментов и праймеров в on-line режиме

Visual Cloning помогает не только в анализе и поиске сайтов рестрикции и праймеров. Можно заказать рестриктазы и праймеры в режиме on-line, не покидая программы. Такое объединение сервисов на текущий момент является единственным в своем роде.

Предпочтения

Как и в обычном браузере, в Visual Cloning можно сохранить список избранных Web-сайтов и не набирать URL вручную.

On-line поддержка

Интегрированный web-браузер обеспечивает возможность доступа к help-системе Visual Cloning, размещенной на web-сайте компании Redasoft, где, кроме обычной справки можно узнать о последних обновлениях программы, послать вопросы или комментарии.

Расширенный рестрикционный анализ

Интегрированный инструментарий рестрикционного анализа позволяет искать сайты рестрикции используя более 1000 ферментов из базы данных REBASE.

Возможности поиска

Можно просканировать последовательность используя все рестриктазы, подмножество коммерчески доступных рестриктаз или предопределенный набор ферментов (например, имеющихся в лаборатории). Кроме того, выборка может быть сформирована при помощи фильтров по любой комбинации из следующих факторов:

• Частота рестрикции;
• Размер региона узнавания;
• Тип концов результирующих последовательностей;
• Размещение сайтов на генетической карте.

Результат поиска

Для каждого найденного сайта рестрикции будут показаны название рестриктазы, расположение сайта на карте, последовательность узнавания и тип получающихся концов.

Вывод графического результата

На генетическую карту можно поместить все или только определенные (выбранные) сайты рестрикции.

Заказ рестриктаз

Как уже говорилось, Visual Cloning – это единственное в своем роде приложение, обеспечивающее как возможности рестрикционного анализа, так и заказ необходимых рестриктаз в режиме on-line. Не покидая программы, можно получить перечень доступных ферментов, просмотреть их свойства и оформить заказ.